Ambientato nel 1949, due anni dopo gli eventi di Godzilla Minus One, il film segue ancora una volta la famiglia Shikishima, impegnata a ricostruire la propria vita in un Giappone che cerca faticosamente di risollevarsi dalle devastazioni della Seconda Guerra Mondiale.
Ma il loro fragile equilibrio viene bruscamente sconvolto quando Godzilla riemerge, ancora più gigantesco e distruttivo di prima. L'ex pilota Koichi Shikishima (Ryûnosuke Kamiki) e Noriko Ôishi (Minami Hamabe) si ritrovano così al centro di una nuova, disperata lotta per la sopravvivenza, mentre il Re dei Mostri semina morte e devastazione su una scala senza precedenti.
Di fronte a una minaccia che supera perfino i confini del Giappone, la famiglia dovrà affrontare una nuova e terribile calamità, cercando ancora una volta di opporsi alla forza inarrestabile di Godzilla.