Korosensei (voce originale Jun Fukuyama), un essere misterioso capace di muoversi a velocità Mach 20, ha distrutto gran parte della Luna e minaccia di fare lo stesso anche con la Terra.
Dietro il suo aspetto bizzarro e i suoi tentacoli gialli, si nasconde un insegnante davvero fuori dal comune. Per sua scelta, diventa il professore della 3-E della scuola media Kunugigaoka, con un compito paradossale. Deve preparare i suoi studenti a diventare abbastanza abili da riuscire ad ucciderlo. Ma tra lezioni e addestramenti, il rapporto con i ragazzi si trasforma gradualmente in un legame profondo e speciale. Il professore aiuta i suoi studenti, tra cui Sugaya e Kataoka, con le loro difficoltà e da inguaribile ficcanaso, non perde occasione per intromettersi nelle loro questioni di cuore. Con l’arrivo delle vacanze invernali, però, Korosensei deve affrontare una sfida inaspettata, quella di trascorrere del tempo lontano dalla sua adorata classe.
Tra comicità, azione ed emozione, seguiamo il rapporto unico tra un professore destinato a essere ucciso e gli studenti che, lezione dopo lezione, hanno imparato ad amarlo.